O xogo Alien Quarantine ten lugar no territorio dun laboratorio secreto onde se realizan experimentos con criaturas extraterrestres capturadas. Un dos alieníxenas conseguiu liberarse, liberou aos demais e comezou un verdadeiro caos no laboratorio. O heroe do xogo Alien Quarantine é enviado en recoñecemento, pero enfróntase a un perigoso inimigo. Precisa restaurar o sistema de seguridade para evitar que os monstros entren noutros sectores. Para iso, cómpre activar varios dispositivos, movendo e disparando, esquivando ataques alieníxenas.
