A vida no reino dos cogomelos volve ser perturbada polo secuestro da princesa Peach. Bowser non pode calmarse e non pode inventar nada novo, excepto secuestrar á princesa. Mario en Super Mario Flash realizará unha viaxe para salvar a unha nena, esta non é a primeira vez para el, e tes un motivo para volver participar nunha divertida aventura. Guía a Mario polas plataformas, saltando sobre cogomelos e tartarugas malvados. Busca o gran agárico de mosca máxico que converterá o fontaneiro en Super Mario. Ademais, podes atopar unha flor máxica nas plataformas, que tamén fortalecerá ao heroe e dará forza en Super Mario Flash.
