Mentres investigaba outro caso, o heroe do xogo Mystery Subway Escape 2, o detective Michael, atopou unha entrada secreta a estacións de metro abandonadas. Pouca xente sabe deles. Non falamos de túneles técnicos, senón de estacións que antes estiveron operativas, pero que por unha ou outra razón resultaron pechadas e sen reclamar. Quedaron alí algúns equipos, cousas e elementos que non se tiraron porque aínda podían ser útiles. É alí onde o noso heroe buscará probas, e despois unha saída, xa que a porta onde entrou foi pechada por alguén en Mystery Subway Escape 2. Ao parecer o estaban observando e decidiron desfacerse do meticuloso detective.