Se segues as aventuras dun estudante de Mystery School chamado Phil, sabes que foi secuestrado por unha nave alieníxena. Seguro que intentaches axudalo. Non obstante, non todo resultou ser tan malo. O heroe resultou ser útil para a tripulación da nave alieníxena e uniuse rapidamente ao equipo. No xogo Riddle Transfer coñecerás a el e aos seus novos amigos. A nave dirixíase cara á Terra, pero de súpeto perdeuse o control, alguén controlou a nave desde o exterior e aterrou á forza nunha das bases secretas. Os homes de negro con armas levaron a todos os pasaxeiros do barco e colocaron a cada un nunha habitación separada. Estarás axudando a Phil en Riddle Transfer, e el poderá axudar aos demais.