Sonic ten a oportunidade de tratar co seu antigo inimigo Knuckles. O ourizo azul recibiu información inesperada sobre a localización do seu opoñente e ten a intención de ir alí. Xunto co seu amigo e asistente Tails, os heroes irán á illa en avión. Despois de aterrar, coñeceranse a Knuckles, pero este desaparecerá rapidamente. Debes axudar a Sonic e o seu amigo a perseguir ao vilán. Colocou moitas trampas na illa para que ninguén puidese alcanzalo, pero Sonic non pode ser detido e controlarás estritamente o movemento do heroe, evitando que se atope con puntas afiadas. Recolle aneis, sempre serán útiles para o heroe en Sonic 3 & Knuckles.