A migración das aves é a migración anual das aves cara a rexións máis cálidas. Unha vez que chega o outono, moitas especies de aves diríxense ao sur para sobrevivir ao frío inverno. Os patos son un deles, e no xogo axudarás a un pato a superar un voo difícil. Pero primeiro debes escoller un personaxe entre os heroes presentados no xogo: Pam, Mac, o tío Dan, Gwen e Dax. Calquera deles obedecerá o teu control. A trama de Migration Flappy Duck é que o teu paxaro quedou atrás do rabaño. Cando todos os seus parentes voaron, a súa á quedou danada, pero agora sanou e podes tentar alcanzar o rabaño e voar xuntos. Pero primeiro terás que superar moitos obstáculos e bater as ás con forza sen descanso en Migration Flappy Duck.
