Na segunda parte do xogo Pandemic 2, seguirás coa túa misión de destruír toda a humanidade como unha pandemia mortal. O xogo comeza escollendo o tipo de enfermidade: virus, bacterias ou parasitos. Despois escollerá un punto de partida para a súa infección. A partir de aí terás que estender a túa enfermidade ao resto do mundo. Ao espallarse polo mundo, pode mellorar a súa enfermidade e facelo para que a xente non a padeza. Modifica constantemente o teu virus para que a humanidade non poida atopar unha cura para el. Polo tanto, gradualmente destruirás toda a poboación do planeta no xogo Pandemic 2
