O ninja acababa de regresar dunha camiñada e decidiu visitar o seu mosteiro natal, onde estudou e o seu mestre favorito, que lle deu unha enorme cantidade de coñecementos e ensinoulle a controlar o seu corpo e espírito. Atopou aos monxes abatidos e con gran frustración. O día anterior, o samurai vermello atacou o mosteiro e roubou unha colección de pedras antigas con runas. Son pedras sagradas que se gardaron no mosteiro durante séculos. O noso heroe xurou devolver todo o roubado e inmediatamente emprendeu a súa viaxe. Axuda ao heroe de Ninja Run a cumprir a súa misión sagrada. O ninja correrá, e axudaralle a saltar sobre os obstáculos e os inimigos a tempo, recollendo pedras.
