En Matrix creáronse varios prototipos, e un deles, o número 09435, resultou ser o máis exitoso. Este é un neno dixital que comezou a desenvolverse dun xeito sorprendente rapidamente e pronto quixo explorar o mundo exterior. Atopou un xeito de abandonar a matriz e seguiu camiño de Prototype Guy. Os creadores decidiron non interferir co rapaz, piden que o axudes a adaptarse, superando os obstáculos. É necesario saltar sobre picos afiados e robots cadrados. Por certo, os robots poden ser destruídos saltando directamente sobre eles. Se non se supera o obstáculo, o heroe comezará de novo en Prototype Guy.
