As froitas de Fruit Ninja non están destinadas a ser consumidas como ensaladas ou só por diversión. O heroe do xogo ninja recolleu unha morea de froitas, para non perder as súas habilidades cunha espada katana. O heroe traballa como cociñeiro nun café, hai uns anos deixou o seu país natal non por vontade propia, senón escondido da mafia local. Pero as mans dos mafiosos son longas e poden atopalo en calquera momento, o que significa que hai que estar preparado e é necesario adestramento. E como non hai equipamento deportivo especial á man, terás que usar froitas. O asistente lanzará sandías, plátanos, mazás, kiwis e outras froitas, e ti cortarás en Fruit Ninja.
