A apocalipse pode ocorrer por varias razóns, no xogo Apocalypse Run axudarás ao heroe que estaba no centro da apocalipse que apareceu como resultado do levantamento das máquinas. A intelixencia artificial, cuxa aparición era tan esperada e tan admirada polo seu rápido desenvolvemento, decidiu que agora non necesita persoas. Ademais, incluso son prexudiciais, porque fan todo mal, moitas veces se comportan de forma irracional, destrúen o medio ambiente e matan á súa especie. Na mente da máquina formouse unha forte crenza de que o home é o principal mal do planeta e debe ser destruído. Así comezou a destrución sistemática da humanidade, e o heroe de Apocalypse Run quere evitar isto e axudaralle a loitar contra os robots.
