Na terceira parte do xogo Sonic Advance 3, seguirás axudando ao valente Sonic e aos seus amigos a loitar contra o insano Dr. Evil. O tolo quere construír unha cidade enteira na que crecerá monstros. Para iso, necesitará as pedras do Caos. Sonic debe atopalos primeiro. Antes de ti na pantalla será visible para o teu personaxe e o seu compañeiro. Usando as teclas de control, controlarás as accións de ambos os heroes á vez. Deberás facelos mover polo lugar e inspeccionar todo coidadosamente. Busca pedras e obxectos espallados por todo o lugar e recólleos. No teu camiño atoparás obstáculos e trampas que os teus heroes terán que saltar. Se se atopan con monstros, os personaxes poderán evitalos ou destruílos uníndose á batalla. Por matar opoñentes, recibirás puntos en Sonic Advance 3.