Comezou unha guerra entre os clans ninja que apoian a varios bandos na loita entre as forzas da Luz e das Escuras. No xogo Ninja Legend, axudarás ao teu heroe a loitar contra os ninjas escuros que atacaron o mosteiro, onde preparan os guerreiros das forzas da luz. Diante de ti na pantalla verás o teu personaxe armado cun escudo e unha lanza. Os lanceiros do inimigo moveranse na súa dirección. Ti, controlando o teu heroe, terás que calcular a traxectoria do lanzamento e lanzar unha lanza ao inimigo. Se a túa puntería é precisa, a lanza golpeará o inimigo e destruirá. Tamén se lanzarán lanzas ao teu heroe. Terás que usar o teu escudo para loitar contra eles. Ademais, o teu heroe pode usar varias habilidades máxicas para protexer ou atacar aos inimigos.
