Na segunda parte de Ninja Dogs 2, seguirás axudando a un pelotón de cans ninja a loitar contra os gardas do reino dos gatos. Hoxe tes que atacar os seus castelos e capturalos ou destruílos. Diante de ti na pantalla verás unha determinada área na que se situarán os edificios. Dentro dos edificios, verás gatos soldados. Instalarase un canón a certa distancia dos edificios. Coa súa axuda dispararás aos teus cans de guerra e estes, voando a certa distancia, chocarán contra a parede do edificio e destruirán aos seus gatos atacantes. Para iso, terás que calcular as traxectorias dos teus tiros. Despois de destruír todos os gatos, recibirás puntos e irás ao seguinte nivel do xogo.