Na segunda parte de Funny Throat Surgery 2, seguirás traballando como dentista nun hospital. Os pacientes con enfermidades dentais acudirán á súa cita. Primeiro de todo, terás que examinar detidamente a cavidade oral e diagnosticar ao paciente. Despois diso, aparecerá un panel de control no que serán visibles varios instrumentos médicos e medicamentos. Aplicando estes elementos de forma consistente, levará a cabo un conxunto de accións destinadas a tratar ao paciente. Cando remates, estará completamente san e comezarás a tratar a outros pacientes.