Undying Contra inspirou aos creadores do xogo Rogue Trigger coa idea de novas aventuras dun valente guerreiro solitario que, ao mellor das súas modestas forzas, loita contra o terrorismo mundial. Terá que infiltrarse nunha base militar inimiga. Onde se están a desenvolver armas biolóxicas secretas. Segundo a intelixencia, alí estanse a levar a cabo experimentos con animais, que pretenden facer soldados obedientes con animais e usalos contra inimigos. O noso heroe debe infiltrarse na base e esnaquizala. Pero as aproximacións ao obxecto están ben gardadas. Terás que coñecer decenas de loitadores ben adestrados. Dispararán desde todos os lados e só a axilidade, a destreza, a velocidade do movemento e o disparo preciso axudarán ao personaxe a sobrevivir e completar a tarefa.