Antigo Xapón, houbo templos especiais nos que prepararon guerras como o ninja. Vostede no xogo Ninja Runs 3d vai a un deles e axuda a un ninja a pasar por varios tipos de adestramento. Hoxe, o teu heroe terá que percorrer un obstáculo especialmente construído xunto con outros ninjas e chegar antes á meta. Vai xestionar as súas accións. Ten que saltar sobre moitos obstáculos, subir varios obstáculos e realizar moitas máis accións que axudarán ao seu ninja a gañar o concurso.
