Unha vez que as portas infernales xa conseguiron encerrarse, pero os espíritos malvados non deixaron a esperanza de liberar o seu camiño de novo e lograron despois de moitos anos. Esta vez, eles abriron un portal en Marte coa esperanza de que os humanos non puidesen atopalo inmediatamente. Pero Marte xa foi colonizada, numerosos laboratorios biolóxicos instaláronse e unha mole de científicos traballaron, todos eles foron sometidos ao cruel ataque de monstros. O teu equipo de varrido debe destruír os monstros do Doom 3 e non tes que ter experiencia. Ir ao planeta vermello e ter coidado, os monstros volvéronse máis intelixentes e máis fortes.
