En Manhattan últimamente inquedo, había moitos mutantes e alguén detrás deles. Un equipo de tartarugas xa tiña frustrado varios plans viláns e o inimigo invisible decidiu vingarse cruelmente secuestrando o seu sensei. Leonardo é o mestre das loitas katan, o líder do equipo Raphael habilmente manexa o Sayes, Donethello usa un equipo especial, e Miguel Ángel prefire nunchaku.
