Unha mañá os habitantes da cidade de Metrópolis viron como unha multitude de naves espaciais descendían do ceo da que aparecían os recentemente chegados. Inmediatamente abriron fogo contra civís e comezaron a buscar por eles. O heroe valente que sempre defendeu a cidade debe loitar nuevamente. Estamos no xogo Superman: Theme is Aliens axudará a Superman a defender a súa cidade e destruír aos seus adversarios. O noso heroe terá que ser guiado polo radar, que lle dirá onde están os soldados estranxeiros. Despois diso, correr ata eles terás que atacar ao inimigo. Pode matalos con socos ou usar as súper habilidades do teu heroe.
