No antigo Xapón, houbo unha guerra constante entre dúas castas de guerreiros: samurais e ninja. Vostede no xogo Ninja Runner vai loitar no lado da Orde de Ninjas. O seu personaxe recibiu un pedido desde o xefe da orde para realizar o recoñecemento nun bosque, onde os destacamentos samurais poden ocultarse. O teu heroe cravou con valentía no bosque e corría polo camiño. Moitos perigos e trampas esperan por el no seu camiño. Vostede controla o seu personaxe terá que facelo saltar e non caer nestas trampas. Se atopas soldados inimigos, terás que destruílos a todos coa axuda dunha espada. Só ten que recoller os distintos elementos que caen no seu camiño.
