Nos tempos antigos ao servizo dos emperadores de Xapón estaba a orde do ninja. Estas guerras misteriosas tiñan as mellores habilidades de intelixencia na época e eran todos artistas marciais. Hoxe, no xogo Ninja Run, axudarémonos a unha tal guerra para infiltrarse no territorio inimigo. O noso heroe correrá ao longo da estrada, que está cheo de varias trampas e outros perigos. A maioría deles pode saltar á velocidade e correr. Se coñeces aos soldados inimigos, trata de destruílos. Tamén na estrada recollen varios elementos que están no chan. Eles che darán puntos e outras boas bonificacións.
